El enceramiento del sistema informático, a cargo de la Dirección Nacional de Informática del Consejo Nacional Electoral, consta de tres procedimientos.
El primero tiene la finalidad de evidenciar que los módulos del sistema de escrutinio no serán modificados posteriormente. Para esto se dará a conocer los números de hash (sellado en el tiempo) de los mismos, que serán utilizados en las Juntas Intermedias y Juntas Provinciales Electorales.
El segundo es el enceramiento del sistema de escrutinio oficial para mostrar que se inicia de un sistema con la información en cero. Este procedimiento se compone de tres pasos: el primero es el enceramiento; el segundo, la carga de la información de parámetros generales del sistema, como el listado de candidatos, organizaciones políticas y Juntas Intermedias de Escrutinio. El tercer paso es la impresión del reporte del enceramiento.
El tercero es el enceramiento del sistema de conteo rápido, que se ejecuta para poner en cero todos los datos de dicho sistema.
Cabe recalcar, que el sistema de escrutinio oficial fue adaptado y desarrollado por la empresa española Scytl. Personal de la compañía proveen el soporte respectivo durante el enceramiento del sistema informático.